...
Veja o exemplo completo do cálculo na Figura 2 abaixo.
Figura 2 - Rateio do Frete Embutido - Exemplo de Cálculo
...
Para aplicar os descontos, selecione os itens (3) que terão os descontos aplicados (ou utilize o botão "Marcar" para selecionar todos), clique no botão "Aplicar" e, após conferir os valores, clique no botão "Confirmar" para salvar os descontos calculados.
Figura 8 - Janela Descontos por Item
...